程功教授长期致力于蚊媒病毒感染传播机制与抗病毒免疫研究，揭示了蚊媒病毒在自然界中传播流行的生物学基础，基于原创发现的机制首次阐明了寨卡病毒暴发流行的关键因素，并提出了蚊媒传染病的新型传播阻断策略。曾获得教育部自然科学奖一等奖 (第一完成人)、北京市自然科学奖一等奖 (第一完成人)、中华医学科技奖二等奖 (第一完成人)、Cell 出版社“全球科学”50 人、北京市先进科技工作者、科学探索奖、谈家桢生命科学创新奖、树兰医学青年奖、茅以升北京青年科技奖等荣誉, 其研究项目还入选了 2024 年度“中国生命科学十大进展”